Optimasi Isolasi DNA Bakteri Patogen pada Sampel Air Sungai Berbasis PCR

Abstract

Abstrak

Bakteri patogen adalah mikroorganisme yang menyebabkan penyakit pada inangnya dengan berbagai proses yang secara jelas melalui kerusakan langsung jaringan atau sel selama replikasi, melalui produksi toksin yang memungkinkan patogen mencapai jaringan baru atau keluar dari sel pada tempat bereplikasi. Bakteri patogen seperti E.coli  dapat tersebar melalui air sungai karena sungai banyak dijadikan sebagai tempat pembuangan kotoran dan sampah sehingga menjadi penyebaran bakteri patogen. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui optimasi isolasi DNA dan mendeteksi bakteri patogen pada sampel air sungai. Metodologi yang digunakan dalam penelitian ini adalah pengambilan sampel air sungai gangga di sekitar Laboratorium Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Padang dan dilakukan analisis laboratorium. Hasil penelitian dari optimasi sampel air sungai gangga bahwa primer yang optimal untuk mendeteksi bakteri patogen adalah primer ESS. Primer ESS berpotensi mengamplikasi bakteri E.coli, Salmonella, dan, Shigella dengan ukuran amplikon 825 bp. Optimasi isolasi lebih optimal saat sampel dimasukkan kedalam microtube .