Desain Primer Secara In Silico Untuk Amplifikasi Gen ND5 Ayam Dengan Real Time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR)

Abstract

Abstrak

Makanan hewani berbentuk daging merupakan salah satu sumber protein yang banyak dimakan oleh masyarakat Indonesia seperti misalnya daging ayam. Salah satu permasalahan yang dihadapi oleh konsumen adalah kemungkinan adanya kecurangan dan pemalsuan produk makanan yang berbahan dasar daging ayam, Secara molekuler kita dapat mendeteksi komponen-komponen daging apa saja yang dijadikan bahan dasar dalam produk yang berbahan dasar daging ayam menggunakan teknik RT-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik Gallus, menguji spesifisitas primer hasil desain secara in silico dan in vitro.Penelitiaan ini merupakan penelitian deskriptif . Primer dirancang menggunakan Geniouse Prime dan Primer BLAST pada NCBI (National Center for Biotechnology Information). Uji spesifisitas primer in silico dilakukan dengan melakukan primer BLAST melalui database NCBI. Hasil penelitian memperoleh sepasang primer spesifik Gallus, primer forward dengan sekuen 5’-TCACCCA CCCAAACCAAACA-3’ dan primer reverse dengan sekuen 5'-GGTGGGTGCGGATGAGTAAA-3’ yang dirancanng pada DNA mitokondria yaitu gen ND5 (NADH dehidrogenase subunit 5) dengan ukuran produk 189 bp. Primer diBlasting pada GenBank (NCBI) menunjukan bahwa primer yang dirancang mampu menempel secara spesifik hanya pada Gallus

Kata kunci Desain primer, gen ND5 Gallus, RT-PCR